# Делаем сайт фактором
dat$Site <- factor(dat$Site, levels = c(2, 3, 1), labels = c("G","L","S"))
# Сливаем редкие виды в одну категорию
f_remove <- c("Nematoda", "Microsetella", "Copepoda",
"Chironomidae", "Halacaridae", "Jaeraspp",
"Ostrac")
dat$Other <- rowSums(dat[, f_remove])
# Суммарная численность симбионтов
f_sp <- c("Urastomaspp", "Renicolaspp", "Himasthlaspp",
"Metacercaria", "Gymnophallusspp", "Alg",
"Other")
dat$Total <- rowSums(dat[, f_sp])
# Данные для анализа
# Только мидии с симбионтами и возрастом от 3 до 8 лет
dat <- dat[dat$Total != 0 & dat$Age %in% 3:8, ]
spec <- dat[, f_sp] # виды-симбионты
env <- dat[, c("Zone", "Site", "L", "Age")] # свойства мидий-хозяев